上海市儿童医院急诊科成立于2005年，主要负责小儿急救、急诊、留观病房、门急诊输液工作。急诊一楼设有急诊抢救室、急诊诊室、急诊候诊区、挂号收费处、药房和检验科；并建有急诊外科清创室、骨科治疗室；急诊抢救室配备先进的抢救监护床、远红外抢救台、心电图机、除颤仪和呼吸机等；急诊二楼有留观病房、输液区、一站式静脉输液药房。目前急诊有抢救床位6张、观察室床位18张、输液区床位100张。

急诊科实行五级分诊，医生分层诊疗，确保医疗质量；严格执行急诊值班主任制、首诊负责制、危重病人抢救制度、观察室管理等核心制度；绿色通道通畅，具备团队复苏急救和公共卫生突发事件处置能力；年急诊量超30万人次，抢救成功率大于98%。急诊科专科医护梯队学历配比合理，其中有25位专科医师,主治医生以上占80%；40位专科护士，主管护师以上占近40%。